Gemeinnützige Organisationen verfolgen mit ihren Gemeinschaftsprojekten grundsätzlich ähnliche Ziele wie gewerbliche Unternehmen. Die Hauptmotive für den Eingang von Kooperationen sind allerdings als branchenspezifisch zu kennzeichnen:  laut einer Kurzstudie zu „Stiftungskooperationen in Deutschland“ vom Bundesverband Deutscher Stiftungen intendieren die meisten NPOs die Verwirklichung einer größeren Projektwirkung und eines höheren Wahrnehmungsgrades sowie die Realisierung finanzieller Unterstützungsleistungen (Spenden, Projektzuschüsse oder Sponsoring).

Weitere Beweggründe verweisen, speziell bei neu gegründeten Organisationen, auf die Nutzung von Erfahrungen und Fachkompetenzen sowie Kontakten von routinierten Kooperationspartnern. Darüber hinaus bieten Kooperationen infolge einer detaillierteren Evaluation des Handelns die Möglichkeit, mehr Aspekte zu berücksichtigen, neue Ideen zu entwickeln, Projekte effizienter zu koordinieren und Synergiepotentiale herauszubilden.

Abgesehen von den genannten Gründen wird die Entscheidung für eine Zusammenarbeit auch von äußeren Faktoren stimuliert. So können etwa niedrige Zinserträge in der Vermögensverwaltung bei Stiftungen oder sinkende Mitgliederzahlen bei Vereinen (z.B. Sportvereine) zu einer "Flucht in die Kooperation" führen.